projekt CZ0127 s podporou finančních mechanismů EHP a Norska 
Sekvenční charakterizace vybraných bakteriálních agens
působících závažná onemocnění v ČR
projekt CZ0127 s podporou finančních mechanismů EHP a Norska
Sekvenční charakterizace vybraných bakteriálních agens
působících závažná onemocnění v ČR
Cílem projektu je zlepšení prevence závažných forem vzdušných bakteriálních infekčních onemocnění (meningitida, sepse), ohrožujících zejména děti a mladistvé, a objasnění jejich epidemiologie. Projekt umožní řešitelskému pracovišti zvýšit kapacitu v poskytování sekvenčních dat a v mapování epidemiologické situace uvedených bakteriálních onemocnění na úroveň přibližující se zahraničním pracovištím a zapojit se plnohodnotně do mezinárodní vědecké spolupráce.
Získaná sekvenční data budou vkládána do celosvětových databází. Globální analýzy sekvenčních dat umožňují vývoj nových účinnějších vakcín genetickými metodami. Mezinárodní sdílení sekvenčních dat bakteriálních kmenů izolovaných v České republice je pro vývoj vakcín velmi významné: Jednak proto, že české bakteriální populace jsou odlišné od populací západoevropských, ale také proto, že řešitelské pracoviště disponuje rozsáhlými sbírkami izolátů (konzervovaných vzorků bakteriálních agens) pokrývajícími období více než třiceti let. Charakterizace bakteriálních agens sekvenčními metodami rovněž umožní objasnit eventuální selhání vakcinace.
Výsledky získané řešením projektu budou poskytovány Ministerstvu zdravotnictví České republiky a stanou se podkladem k aktualizaci programů surveillance jednotlivých infekčních onemocnění včetně vakcinačních strategií.
Přístroje, pořízené v rámci projektu, budou v majetku a péči SZÚ. Předpokládá se, že přístroje budou sloužit svému účelu dalších deset let.
Projekt navazuje na nejnovější vědecký vývoj, kdy je metodami molekulární biologie, zejména sekvenčními, prováděna detailní genetická charakterizace významných bakteriálních agens způsobujících celosvětově závažná onemocnění. Pro řešení projektu byly vybrány právě sekvenční metody, protože jsou mezinárodně standardizovány a celosvětově uznávány jako nejspolehlivější zdroj vzájemně srovnatelných dat. Výsledky sekvenčních testů se shromažďují do mezinárodních databází, kde mají přispěvatelé přístup ke globálním analýzám těchto dat.
V projektu budou charakterizovány izoláty ze závažných onemocnění (meningitida, sepse): Neisseria meningitidis, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumonie a Haemophilus influenzae. Sekvenční charakterizace umožňuje studium bakteriálních populací a zjišťování hypervirulentních bakteriálních komplexů, které způsobují závažnější průběhy onemocnění s trvalými následky a vysokou smrtností. Přednostně budou vyšetřovány aktuální kmeny, izolované od současných pacientů a osob, s nimiž přišli do kontaktu.
K charakterizaci bakteriálních izolátů budou použity následující sekvenční metody:
Laboratoře klinické mikrobiologie z celé České republiky posílají Národním referenčním laboratořím řešitelského pracoviště izoláty z těchto onemocnění a od jejich kontaktů k ověření a další charakterizaci pomocí specializovaných metod. Ty pak získávají zpětnou vazbu ve formě výsledků charakterizace izolátů. Dle kapacity budou retrospektivně vyšetřovány kmeny uchované v unikátní sbírce bakteriálních kultur řešitelského pracoviště, které byly v České republice izolovány po dobu více než třiceti let. Ke správnému zhodnocení sekvenčních dat bude zapotřebí srovnat izoláty bakteriálních kmenů také od zdravých nosičů.
Nedílnou součástí projektu bude publikace získaných dat na tuzemské i mezinárodní úrovni, v odborných časopisech a na odborných konferencích. Získaná sekvenční data, uložená v mezinárodních databázích, budou využívána i po ukončení projektu.
Projekt je plánován na dva roky. V tomto dvouletém období bude provedena sekvenční charakterizace 600 izolátů meningokoků, 400 izolátů streptokoků a 200 izolátů hemofilů. Celkově se jedná o 1200 bakteriálních izolátů, z nichž ročně bude charakterizováno 600. Jednotlivá z výše uvedených agens budou vybírána dle aktuální epidemiologické situace a poptávky odborné veřejnosti.
Řešení projektu je rozděleno do čtyř etap:
Projekt je financován z 85 % z prostředků EHP/Norsko a z 15 % z veřejných prostředků České republiky.
