SZU Sekvenace.cz

English


projekt CZ0127 s podporou finančních mechanismů EHP a Norska eea grants

Sekvenční charakterizace vybraných bakteriálních agens
působících závažná onemocnění v ČR


O projektu


Cíl projektu

Cílem projektu je zlepšení prevence závažných forem vzdušných bakteriálních infekčních onemocnění (meningitida, sepse), ohrožujících zejména děti a mladistvé, a objasnění jejich epidemiologie. Projekt umožní řešitelskému pracovišti zvýšit kapacitu v poskytování sekvenčních dat a v mapování epidemiologické situace uvedených bakteriálních onemocnění na úroveň přibližující se zahraničním pracovištím a zapojit se plnohodnotně do mezinárodní vědecké spolupráce.

Získaná sekvenční data budou vkládána do celosvětových databází. Globální analýzy sekvenčních dat umožňují vývoj nových účinnějších vakcín genetickými metodami. Mezinárodní sdílení sekvenčních dat bakteriálních kmenů izolovaných v České republice je pro vývoj vakcín velmi významné: Jednak proto, že české bakteriální populace jsou odlišné od populací západoevropských, ale také proto, že řešitelské pracoviště disponuje rozsáhlými sbírkami izolátů (konzervovaných vzorků bakteriálních agens) pokrývajícími období více než třiceti let. Charakterizace bakteriálních agens sekvenčními metodami rovněž umožní objasnit eventuální selhání vakcinace.

Výsledky získané řešením projektu budou poskytovány Ministerstvu zdravotnictví České republiky a stanou se podkladem k aktualizaci programů surveillance jednotlivých infekčních onemocnění včetně vakcinačních strategií.

Přístroje, pořízené v rámci projektu, budou v majetku a péči SZÚ. Předpokládá se, že přístroje budou sloužit svému účelu dalších deset let.


Metodologie

Projekt navazuje na nejnovější vědecký vývoj, kdy je metodami molekulární biologie, zejména sekvenčními, prováděna detailní genetická charakterizace významných bakteriálních agens způsobujících celosvětově závažná onemocnění. Pro řešení projektu byly vybrány právě sekvenční metody, protože jsou mezinárodně standardizovány a celosvětově uznávány jako nejspolehlivější zdroj vzájemně srovnatelných dat. Výsledky sekvenčních testů se shromažďují do mezinárodních databází, kde mají přispěvatelé přístup ke globálním analýzám těchto dat.

V projektu budou charakterizovány izoláty ze závažných onemocnění (meningitida, sepse): Neisseria meningitidis, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumonie a Haemophilus influenzae. Sekvenční charakterizace umožňuje studium bakteriálních populací a zjišťování hypervirulentních bakteriálních komplexů, které způsobují závažnější průběhy onemocnění s trvalými následky a vysokou smrtností. Přednostně budou vyšetřovány aktuální kmeny, izolované od současných pacientů a osob, s nimiž přišli do kontaktu.

K charakterizaci bakteriálních izolátů budou použity následující sekvenční metody:

Laboratoře klinické mikrobiologie z celé České republiky posílají Národním referenčním laboratořím řešitelského pracoviště izoláty z těchto onemocnění a od jejich kontaktů k ověření a další charakterizaci pomocí specializovaných metod. Ty pak získávají zpětnou vazbu ve formě výsledků charakterizace izolátů. Dle kapacity budou retrospektivně vyšetřovány kmeny uchované v unikátní sbírce bakteriálních kultur řešitelského pracoviště, které byly v České republice izolovány po dobu více než třiceti let. Ke správnému zhodnocení sekvenčních dat bude zapotřebí srovnat izoláty bakteriálních kmenů také od zdravých nosičů.

Nedílnou součástí projektu bude publikace získaných dat na tuzemské i mezinárodní úrovni, v odborných časopisech a na odborných konferencích. Získaná sekvenční data, uložená v mezinárodních databázích, budou využívána i po ukončení projektu.


Harmonogram

Projekt je plánován na dva roky. V tomto dvouletém období bude provedena sekvenční charakterizace 600 izolátů meningokoků, 400 izolátů streptokoků a 200 izolátů hemofilů. Celkově se jedná o 1200 bakteriálních izolátů, z nichž ročně bude charakterizováno 600. Jednotlivá z výše uvedených agens budou vybírána dle aktuální epidemiologické situace a poptávky odborné veřejnosti.

Řešení projektu je rozděleno do čtyř etap:

etapa 1 (IV.q 2008 - I.q 2009)
přípravná fáze
příprava zadávacích dokumentů pro výběrové řízení dle Zákona č. 137/2006 Sb. O veřejných zakázkách, hodnocení nabídek, nákup a instalace přístrojů.
etapa 2 (I.q 2009)
zahájení sekvenace v nové, vyšší kvalitě
předávání sekvenčních dat do mezinárodních databází
etapa 3 (I.q 2010)
první vyhodnocení získaných výsledků
průběžná prezentace výsledků na tuzemské i mezinárodní úrovni
etapa 4 (III.q 2010)
ukončení financování projektu
konečné vyhodnocení získaných výsledků a jejich prezentace na tuzemské i mezinárodní úrovni
vypracování preventivních postupů na základě získaných výsledků
přijetí opatření o udržitelnosti projektu

Financování

Projekt je financován z 85 % z prostředků EHP/Norsko a z 15 % z veřejných prostředků České republiky.


xhtml 1.1 css 2.1 rss 2.0 Atelier GINGO

© 2008 SZÚ